病理診斷流程主要包含取樣、制片、診斷、報告四個步驟，根據樣本類型可分為組織學檢查、細胞學檢查兩類。二者取樣方式并不相同，組織學樣本一般通過開放手術、內鏡檢查或經皮穿刺活檢獲取，而細胞學樣本一般通過體液、拉網、細針穿刺、脫落細胞等途徑獲取。
組織學檢查一般可分為石蠟切片和術中冰凍切片兩種制片方式，二者應用場景不同，各有優劣。石蠟切片應用最為廣泛，但制片過程較為繁瑣，耗時較長，一般需要3-5天才能出具結果，但清晰度較高，并且可以長期保存使用；冰凍切片一般用于手術中快速診斷，通過低溫將組織快速冷卻硬化，僅需半小時左右即可出具診斷結果，但制片質量不如石蠟切片，存在一定誤診率，對病理醫師要求較高。根據2009年《病理科建設與管理指南（試行》要求，出具一般病理診斷報告的醫師需具備初級以上病理學專業技術職務任職資格，且經過病理診斷專業知識培訓或專科進修學習1-3年，而快速病理診斷醫師應當具有中級以上病理學專業技術任職資格，并有5年以上病理閱片診斷經歷。
目前細胞病理常用制片技術分為巴氏涂片及液基薄層細胞學制片技術。巴氏涂片法利用刮板從宮頸處刮取脫落細胞，然后直接在玻片上涂抹，進而完成固定、染色。由于巴氏涂片存在細胞丟失、制片質量差等問題，其逐步被液基薄層細胞學制片方式替代，液基薄層細胞學制片主要可分為膜式制片（ TCT ）、沉降式制片（ LCT/LBP）兩類，一般習慣統稱為TCT，不做具體區分。
