科研突破為轉基因種子的商業化使用奠定基礎。第一個轉基因事件是 1987 年進入審批流程的西紅柿。經過 5 年的安全、環境測試，這個改變了基因序列而提高了自身硬度和保質期的西紅柿成為了美國第一個商業化的品種。1995 年，第一例自主產生殺蟲劑的轉基因作物種子被美國環境保護機構批準；1995 至 1996 年，抗蟲抗除草劑的轉基因玉米獲得種植許可。
除了提升作物的抗病蟲害能力，科學家們還研究了通過轉基因技術來提高作物的營養價值。在 2000 年，可以提高食用者維生素 A 攝取量的黃金大米問世。轉基因技術在作物上的應用逐漸廣泛，極具潛力，目前已經逐漸進入分子學領域，通過研發更新更簡單的技術來達到作物轉基因的目的。同時，聯合國還預測在 2050 年，人類需要產出現在食物生產量的170%才可以滿足全球的需求。因此，轉基因技術的發展以及在作物中的應用有望成為完成此目標的一項重要的工具。
隨著轉基因種子技術的逐漸成熟，轉基因種子的應用也開始在全球推廣。1996 年以后，全球種植轉基因作物的國家數量快速增長，1996 年僅有 6 個，而 2018 年已然發展至 26個。同時，轉基因作物播種面積快速增加，2018 年全球轉基因作物播種面積達到 28.76 億畝。
