南京銀行的資產質量在同業中十分優秀，已經暴露的不良貸款比率在城商行中僅高于寧波銀行，未暴露的潛在不良控制水平也處在同業前列的水平。在不良率上，截至 2019 年一季度末，南京銀行不良貸款率達 0.89%，在城商行中第二低，在所有上市銀行中也是僅有三家不良率低于 1%的銀行之一。在潛在不良上，截至 2019 年一季度末，南京銀行關注類貸款占比達 1.44%，僅高于寧波銀行（0.64%）和杭州銀行（1.07%）；而逾期 90 天以上貸款占比在 2018 年末達 0.84%，也僅高于寧波銀行（0.64%）。
在趨勢變化上，南京銀行不良率控制常年保持相對穩定，而潛在不良情況呈持續改善態勢。從 2010 年開始，南京銀行的不良率就進入了不超過“1%”的水平，并且連續 8 年均控制得非常好。作為兩家資產質量最為優秀的城商行，南京銀行和寧波銀行的不良率指標在 2012 年開始一直不相上下，差距不超過10 個 BP，甚至南京銀行在 2015 年至 2017 年期間還要低于寧波銀行，直到 2018 年開始兩家銀行差距有所拉大，年底南京銀行不良率已經低于寧波銀行 11 個 BP。主要原因在于，2018 年南京銀行不良率出現小幅上升，幅度3 個 BP，而寧波銀行不良率反而下降，幅度在 4 個 BP。
在關注類貸款貸款占比上，南京銀行從 2012 年開始就呈穩步下降趨勢。2012 年一季度，關注類貸款占比最高達 3.00%，但到 2018 年三季度末已經降至 1.43%，7 年間降幅達 158 個 BP。雖然一直高于寧波銀行，但與寧波銀行相比，南京銀行關注類貸款占比下降的趨勢更加穩健。
