REVOLUTION MEDICINES開創性地開發了“三復合物”平臺:通過一個伴侶蛋白(親環蛋白A)與靶蛋白形成復合物,從而人為地創造出一個口袋供小分子抑制劑結合上去,形成一個“靶蛋白-小分子抑制劑-伴侶蛋白”的三復合物。小分子可以直接抑制RAS(ON)蛋白,伴侶蛋白結合上去也可以在空間結構上阻止RAS(ON)蛋白與下游效應蛋白結合、從而抑制下游信號傳導。
以SOS::RAS抑制劑為例,研究者發現DCAI口袋是SOS1與RAS結合的關鍵位點。DCAI可以微弱抑制由SOS1蛋白介導的RAS核苷酸交換,共晶分析顯示DCAI結合在KRAS的α2螺旋以及β折疊中間的一個口袋上,這個口袋也被稱為DCAI口袋,結合在這個口袋的小分子可以抑制RAS和SOS1蛋白的結合,從而抑制SOS1介導的RAS由結合GDP向GTP的轉化,將RAS鎖定在GDP結合的失活態。代表藥物如Boehringer的BI 2852。
EGFR與受體結合后發生二聚化,其后通過自我磷酸化自我激活,然后招募SOS1蛋白來到細胞質膜上與自己結合;然而SOS1蛋白結構域與EGFR結構域不匹配,需要GRB2蛋白幫助( GRB2 作用類似于轉換插頭,將不配套的SOS與EGFR結合),EGFR-GRB2-SOS1三者形成復合體,SOS1具備GEF能力,可以將與RAS結合的GDP交換出來,允許RAS與GTP結合,從而激活RAS蛋白;SHP2蛋白的作用目前不甚清晰,但是有假說認為SHP2是作為骨架蛋白,將GRB2和SOS1蛋白結合其上,同時還可以提高核苷酸交換速率。