公司治理結構方面，合伙人制度有效解決公司管理權長期可持續的接替。2013年赴美上市之前，阿里巴巴進行了合伙人制度改革，以牢牢掌握控制權。目前阿里巴巴共有合伙人為38人。由合伙人提名董事會的大多數董事人選。提名的每位董事人選，必須在年度股東大會上得到超過投票股東所持表決權的二分之一同意方能當選。如果未獲得股東選舉，或在當選后因故離任董事，阿里巴巴合伙有權委任臨時董事，直至下一屆預定年度股東大會召開為止。如需修改阿里合伙人制度，必須獲得出席股東大會的股東所持表決權95%以上通過，馬云和蔡崇信合計持股超過5%。
通過設置年度現金獎金池用于管理層激勵，管理層利益梳理清晰、激勵充分。總金額按照經調整稅前營業利潤的一定百分比計算。先分配給管理層（FY2019超過360名成員）中非合伙人成員的獎金比例，剩余部分作為管理層合伙人的獎金。合伙委員會將會決定管理層中所有合伙人年度獎金的具體分配，而支付給合伙人中擔任我們的高管、董事會合伙委員會成員的年度獎金，還需董事會薪酬委員會批準。主要根據合伙人對我們業務及弘揚使命、愿景、價值觀作出的貢獻程度，確定獎金分配。
阿里整體管理層的架構為最高為經濟體發展執行委員會（13人，張勇、井賢棟、張建鋒、蔣凡、胡曉明、王磊、戴珊、倪行軍、黃浩、王帥、邵曉鋒、武衛、童文紅），下設五委四辦（“五委”負責統籌，包括技術、人才發展、安全風險、財務投資、公共事務委員會；“四辦”負責執行，有具體目標，包括農村、全球、用戶、企業服務辦公室）。
