益生菌是對健康有益的活微生物：益生菌是“通過攝取適當的量,對食用者的身體健康能發揮有效作用的活菌”（2001 年世界衛生組織定義）。益生菌定植于人或動物腸道、生殖系統內，對人體穩態起調節作用，通過抑制有害菌增殖、促進營養物質吸收、代謝合成營養物質等途徑對宿主健康產生重大影響。
自發現起來，益生菌的功效僅僅圍繞有益于腸道健康。自 1857 年巴斯德發現乳酸菌以來，益生菌特性及功效研究不斷深化豐富。1908 年，俄國科學家、諾獎得主梅契尼科夫提出“酸奶長壽理論”，認為酸奶中的乳酸桿菌會抑制有害微生物增殖，延長人體壽命，益生菌保健功能受到追捧。1995 年，國際“益生元之父”吉布森將“刺激特定有益菌群生長、活性的非消化性食物成分”定義為益生元，為增益腸道有益菌群提供又一路徑。此外，膳食纖維對益生菌生長起促進作用，益生菌影響膳食纖維腸道內發酵模式等相關研究也在不斷細化深入。
益生菌的起效條件較為苛刻，故對研發生產、實際應用的過程均提出較高的要求，是技術壁壘相對較高的產業。由于益生菌是活菌，益生菌上述健康功能的起效是建立在有一定數量（通常認為產品中不低于 107cfu/g 或 107cfu/mL）和活性的活菌安全到達小腸或者結腸這個基礎上的，并且需要這些益生菌在食用后進入體內仍保持正常活性和代謝。而益生菌在到達腸道之前會暴露于胃液和膽汁內，這些酸性較強的環境導致大部分菌群在到達小腸或者結腸前就已死亡，因此需要采取有效措施保護益生菌的活力，這對生產及應用益生菌的公司提出了技術上的高要求。
