人流感主要是甲型流感病毒和乙型流感病毒引起的。其中，甲型流感病毒抗原易發生變異，曾多次引起世界性大流行；乙型流感病毒對人類致病性也比較強，但是目前還未引起過世界性大流行；丙型流感病毒只引起人類不明顯的或輕微的上呼吸道感染，很少造成流行；丁型流感病毒是近年來才發現的流感病毒，主要感染家畜，尚未發現感染人或導致人患病。目前，引起流感季節性流行的病毒是甲型中的 H1N1、H3N2 亞型及乙型病毒的 Victoria 和 Yamagata 系。
甲型流感病毒根據病毒表面的兩種蛋白質——血凝素（H）和神經氨酸酶（N）分類，共有 18 種不同的血凝素和 11 種不同的神經氨酸酶（分別為 H1 至 H18 和 N1 至 N11）。盡管可能有 198 種不同的甲型流感亞型組合，但自然界中僅檢測到 131 種亞型。目前已確認能感染人類的血清型包含 H1N1、H2N2、H3N2、H5N1、H1N2、H7N2、H7N3、H7N7、H7N9、H9N2、H10N7，其中只有 H1N1、H2N2 和 H3N2 完全適應人體，但在人體內常規傳播的甲型流感病毒只有 H1N1 和 H3N2，而 H7N9 則是乙類傳染病。
乙型流感病毒未分亞型，而是進一步分為兩個譜系：B / Yamagata 和 B / Victoria。乙型流感病毒的遺傳和抗原特性變異通常比甲型流感病毒慢，特別是甲型 H3N2 病毒。乙型流感病毒的變異速率較甲型流感病毒慢 2-3 倍，其基因型不如甲型多樣，僅有一種血清型。由于其抗原多樣性較低，因此一般人在孩提時期即對此病毒產生免疫，但缺乏長期免疫的病人，仍有可能感染乙型流感。乙型流感抗原漂變速度較慢，加上其宿主范圍較小，從而不易發生抗原移型的現象，因此該病毒不會造成大規模流行。
