親和篩選：利用靶標蛋白與潛在化合物分子之間的親和活性，親和力強的分子會與靶蛋白牢固結合，親和力弱的化合物無法結合就會被除去。首先將純化的目標蛋白通過親和作用或共價作用固定在磁珠或溴化氰活化瓊脂糖等載體上，然后將活性蛋白和整個DEL進行孵育，與靶蛋白作用力強的化合物就能被篩選出來。
洗脫未結合化合物：通過優化洗脫條件及洗脫劑濃度，洗去親和力弱或未結合的化合物，再采用毛細管電泳技術來分離與蛋白質結合的DNA 編碼化合物。
PCR擴增：PCR 擴增的方法對DNA 片段進行富集。其優勢在于極微量的DNA編碼信號經擴增后也能被DNA測序儀識別。
