靶向結構蛋白：新冠病毒顆粒具有四個結構蛋白，包括S (spike）、E (envelope)、M (membrane)、N (nucleocapsid)；其中spike突刺蛋白是新冠病毒與受體結合、介導病毒進入細胞的關鍵蛋白，同時具有較高的免疫原性，是研發疫苗、中和性抗體、進入/融合抑制劑的關鍵靶點。
靶向活性酶：新冠病毒基因組中，功能已知、具有酶活性的非結構蛋白包括nsp3(PLpro)、nsp5 (3CLpro/Mpro)、nsp12 (RdRp)、nsp13 (Hel)、nsp14 (ExoN)、nsp15 (NendoU)、nsp16 (O-MT)；
靶向其他非結構蛋白：新冠病毒基因組中ORF1a/ORF1ab編碼的pp1a/pp1ab多聚蛋白，被PLpro、3CLpro分子內切割為16個非結構蛋白（nsp1-16）；除去上述7個酶以外，還有其他9個非結構蛋白，如組成RNA病毒復制轉錄復合物（RTC）的nsp7/8/9等蛋白。
