多式聯運可以有效整合各種運輸方式，提升運輸效率，有效降低物流成本。運輸方式主要有五種，分別是公路、鐵路、水路、航空、管道，其中最主要的貨物運輸是公路、鐵路、水路這三種。每種運輸方式在費用、時間、限制條件等方面各有不同。多式聯運一般由一個主體來整合各種運輸方式，提供全程運輸服務，有利于提升運輸效率，同時可以綜合各運輸方式的優缺點，根據客戶需求組織最佳的運輸方案，有效降低物流成本。
集裝箱作為標準化的載體，具有裝卸效率高、貨損小、環保等優點。多式聯運涉及到兩種及以上的運輸方式，不同運輸方式之間的有效銜接非常重要，用集裝箱作為運輸載體可以很好地解決這一問題，因此集裝箱運輸可以大幅提升多式聯運的效率，多式聯運主要通過集裝箱運輸。
在中長距離運輸中，鐵路的成本低于公路，可以達到降低成本的效果。歐美國家經驗表明，多式聯運能夠提高運輸效率 30%左右，減少貨損貨差 10%左右，降低運輸成本 20%左右，減少公路交通擁堵 50%以上。據交通運輸部對重點企業多式聯運線路的調研，大多數的多式聯運線路運輸費用低于公路直達運輸費用，成本平均降低約 30%。
