中成藥和中藥飲片皆以中藥材為原料，其藥效受中藥材質量影響大，而中藥材質量受栽培技術、產地生態環境控制、加工炮制、儲藏等環節的影響，部分企業被爆出使用過期藥材、硫磺熏蒸、以次充好等亂象，造成產品質量良莠不齊。此外，中藥組成成分復雜，藥理、毒理與藥物相互作用等研究并非透徹，部分醫生沒有熟練掌握藥理和醫療知識錯誤用藥，或患者自行濫用藥物，造成的藥品不良反應事件降低了患者對中藥的信任度，制約了中藥行業的發展。
近年來，國家對中醫藥行業加強監管力度，要求嚴格按照 GMP 標準組織生產，部分不合規生產的中藥企業被取締，行業市場規模萎縮，但集中度有所提高。國家藥監局、衛健委發布的《中華人民共和國藥典》已于 2020 年 12 月 30 日起實施，新版藥典對藥品安全性控制更嚴，對中藥飲片行業中的種植、采集和加工流通等環節都進行嚴格管理，有助于保障中藥產品質量、促進行業高質量發展。
中醫藥在新冠疫情防治中表現突出，《抗擊新冠肺炎疫情的中國行動》白皮書中指出，中醫藥參與救治確診病例的占比達到 92%，湖北省確診病例中醫藥使用率和總有效率超過90%。疫情下連花清瘟、安宮牛黃丸等產品暢銷，部分中藥企業開展國際送醫送藥公益活動，提高了中藥的國際知名度，開創了中醫藥國際化發展新機遇，促進了以預防為主的大健康產業發展。
